Im Alter von 31 Jahren ging nach dem Tod des Vaters Tuekakas (Old Joseph) die Oberhäuptlingswürde an Chief Joseph über. Neben ihm gab es zum Zeitpunkt der bevorstehenden Umsiedlung 1877 noch andere Häuptlinge im Tal: vor allem White Bird, Too-Hul-Hul-Sote und Looking Glass, insgesamt rund 1000 Leute mit über 200 Kriegern. Über Krieg und Frieden bestimmten sowieso die bewährten Krieger, z. B. Chief Josephs jüngerer Bruder Ollokot. Kurz: Das Machtgefüge der Indianergruppe war so kompliziert wie die US-amerikanische Bürokratie, die sich seit Ende 1872 mit ihrer Umsiedlungsfrage beschäftigte. Aber heute steht in erster Linie Chief Joseph im Schlaglicht.Sechs Jahre lang widersetzte er sich gegen die Vertreibung aus seiner Heimat. Im Wallowa Valley kamen Regierungsbeamte, die die Nez Percé aufforderten in die Lapwai-Reservation zu ziehen, wo bereits andere Nez Percé angesiedelt waren. Joseph bat Präsident Grant den Nez Percé ihr Stammesgebiet nicht wegzunehmen. Grant erteilte daraufhin die Anordnung den Wallowa Valley als Siedlungsgebiet für Weiße zu sperren. Weiße Siedler und Goldsucher gingen auf Pferde- und Rinderraub zu den Upper Nez Percé und teilten Washington mit, dass die Nez Percé den Siedlern das Vieh stehlen und damit Unfrieden stiften würden. Jedes Mittel war den Weißen recht, den Nez Percé das Tal abzujagen, da man in ihm Gold gefunden hatte. Als der Präsident von dem vermeintlichen Viehdiebstahl der Upper Nez Percé hörte, gab er 1875 eine neue Order heraus, die nun das Wallowa Valley zur Besiedlung durch Weiße den Weg frei machte.

Zwischendurch gab es immer wieder Verhandlungen zwischen den Indianern und den Unterhändlern der US-Regierung. So auch am 2. Mai 1877. Hier traf sich eine Delegation der Nez Percé unter der Führung von Chief Joseph mit dem einarmigen General Oliver Otis Howard. Mit Joseph kamen die Häuptlinge Looking Glass, sein Bruder Ollokot, White Bird, der Prophet Too-Hul-Hul-Sote und 50 ausgesuchte Krieger, die mindesten 1,80 Meter groß waren. Sie trugen ihre schönsten Gewänder, ritten auf ihren prächtigsten Pferden und hatten außer einer zeremoniellen Tomahawk-Pfeife keine Waffen bei sich. Die zunächst freundliche Atmosphäre änderte sich schnell, als General Howard seine Gesprächspartner ultimativ aufforderte, das Wallowa-Tal sofort zu verlassen und ins Lapwai-Reservat zu ziehen. Ein Unterhändler von Chief Joseph, der Prophet Too-Hul-Hul-Sote, sprang daraufhin wütend auf und sprach:

"Der Große Geist schuf die Welt, wie sie ist und er sie wollte. Einen Teil davon machte er für uns, damit wir in ihm leben können. Ich sehe nicht, woher du die Befugnis nimmst, uns zu sagen, dass wir nicht an den Stellen leben dürfen, die er uns anwies"

Chief Joseph wusste jetzt, dass der Krieg nicht mehr zu verhindern war. Die Nichtvertrags-Gruppen der Nez Percé zogen sich daher in den Whitebird Canyon zurück, wo sie aber schon bald von General Howards Soldaten entdeckt wurden. Captain Perry und seine Truppe von wenig mehr als 100 Soldaten verfolgten die Nez Percé, um eine günstige Gelegenheit zu bekommen, die Nez Percé auf ihrem Marsch aufzuhalten. Dass sie bereits von den Nez Percé beobachtet wurden, merkten sie nicht. Joseph führte sie am 16. Juni 1877 im Whitebird Canyon in einen Hinterhalt, wo seine Scharfschützen mehrere Soldaten töteten und im Anschluss jagte er seine 500 Pferde über sie hinweg. Die nun auf die Soldaten heranstürmenden Pferde lösten bei Lieutenant Theller und bei weiteren 18 Soldaten Todesangst aus, so dass sie flohen und auf ihrer Flucht leichte Beute der indianischen Scharfschützen wurden. Captain Perry, Lieutenant Parnell und die Truppe suchten Schutz in einer Schlucht, wo sie sich noch drei Stunden gegen angreifende Nez Percé verteidigten. Sie begaben sich dann auf die Flucht nach Mount Idaho, wo ihnen eine Siedlertruppe begegnete, die nun ihrerseits die Indianer vertrieb. Auf ihrem Rückzug fanden die Nez Percé 34 tote Soldaten, denen sie die Waffen und Kleidung abnahmen, aber deren Skalpe nicht anrührten.

Jetzt beschloss Chief Joseph zusammen mit seinen Unterhäuptlingen Looking Glass, White Bird, Hush-Hush-Cute, Ollokot und Too-Hul-Hul-Sote sich nach Kanada abzusetzen, um sich dort mit Sitting Bulls Sioux-Kriegern zu verbünden. General Howard nahm nun die Verfolgung der Nez Percé am 22.06. mit 227 Soldaten aus Fort Lapwai auf. Am Clear Water River nahe Kamia im Bundesstaat Idaho befand sich Looking Glass mit seiner Streitmacht und erwartete die Ankunft der US-Armee. Mit 250 Krieger und 450 Frauen, Kindern und alte Menschen begann nun eine 1600 Kilometer lange Odyssee in Richtung Freiheit. Während ihrer Flucht mussten sie sich immer wieder der überlegenen US-Armee im Kampf stellen. Howards Armee war bis zum 11. Juni auf 700 Mann angewachsen und glaubte einen leichten Sieg zu erringen. Ohne Vorwarnung eröffnete er mit einer Haubitze und zwei Revolvergewehren das Feuer. Die Revolvergewehre schossen zu kurz und die Haubitze schlug weit hinter den Nez Percé im Wald ein. Die Nez Percé brachten ihre Angehörigen und das Vieh in Sicherheit und gingen am Clear River in Stellung.

Im Yellowstone-Park mussten sie sich aber bei einem zweiten Angriff nach und nach zurückziehen, und am 30. September 1877 ereilte sie dann schließlich doch noch das Schicksal, als sie 48 Kilometer von der Kanadischen Grenze entfernt, von General Nelson A. Miles und seinen Soldaten angegriffen wurden. 280 Soldaten mit Artillerieunterstützung eröffneten am 30. September 1877 im dichten Schneetreiben das Feuer auf das Lager. Die Nez Percé brachten ihre Angehörigen in Sicherheit und 125 Scharfschützen versteckten sich in den Felsklippen bis 115 Kavalleristen auf 20 Schritt herangekommen waren. Nun wurden 29 Infanteristen und 24 Kavalleristen erschossen und 42 Soldaten verwundet. Die Nez Percé verloren drei Frauen und 18 Krieger, unter ihnen Ollokot und der Prophet Too-Hul-Hul-Sote. Dann schossen die Infanteristen mit einer vierpfündigen Haubitze und einer Hotchkiß-Kanone auf die Stellungen der Indianer und waren sich fast sicher den Verlauf des Kampfes für sich zu entscheiden, da aber begannen die Nez Percé Scharfschützen die Esel- und Maultiergespanne zu beschießen. Dabei gab es hohe Verluste unter den Soldaten, so dass sie sich zurückzogen. Nach einer Beratung der Offiziere mit Miles wurde das Gefecht fortgesetzt. Die Nez Percé hoben in der Nacht Schützengräben aus. Am anderen Morgen kam es zu Verhandlungen, wo Miles Joseph zur Kapitulation aufforderte, was der Oberhäuptling ablehnte. Mit Zwölfpfünderkanonen ging es bis zum Abend mit dem Gefecht weiter, jedoch erzielten die Soldaten keinen Bodengewinn.

Miles lud Joseph zu einem weiteren Gespräch ein. Trotz weißer Parlamentärfahne wurde Joseph zwei Tage lang gefangen gehalten. Der General versprach dem Oberhäuptling in seine Heimat zurückkehren zu dürfen, wenn sie die Waffen ablieferten. Doch Joseph lehnte ab. Die Nez Percé nahmen Lieutenant Jerome zum Geisel, den sie gegen ihren Häuptling austauschten. Erneut kam es zum Gefecht bis Miles Kuriere zu Terry in das 100 Meilen entfernte Fort Benton, zu Howard und Sturgis, die weiter südlich sich befanden, schickte. Dabei wurden viele von Chief Josephs Unterhäuptlinge und Krieger getötet. General Howard traf als erster bei Miles ein und zwar am 5. Oktober. Miles forderte den Oberhäuptling nochmals zur Aufgabe auf. Eine Beratung zwischen Joseph, White Bird und Looking Glass kam zu dem Schluss bis zum Tod zu kämpfen, was den Oberhäuptling zum Aufschub der Entscheidung veranlasste. Ein Scharfschütze der Soldaten tötete Looking Glass. Joseph kapitulierte am 6. Oktober 1877. Die darauf folgende Kapitulationsrede von Chief Joseph ist zu einem geschichtlichen Ausspruch geworden:

"Ich bin kampfesmüde. Unsere Häuptlinge sind tot. Es ist kalt, und wir haben keine Decken. Die kleinen Kinder erfrieren. Manche meiner Leute sind in die Berge geflohen und haben keine Decken und nichts zu essen. Niemand weiß, wo sie sind, vielleicht erfrieren sie. Ich brauche Zeit, um nach meinen Kindern zu sehen und zu wissen, wie viele ich von ihnen wieder finde. Möglicherweise werde ich sie unter den Toten finden. Hört mich an, weiße Häuptlinge: Mein Herz ist krank und betrübt. Vom augenblicklichen Stand der Sonne an gelobe ich, ich kämpfe niemals wieder."