Die Nez Percé teilten sich in mehrere Gruppen auf, die unabhängig voneinander waren, und auch für sich eigene Entscheidungen trafen. Manchmal schlossen sich mehrere Dörfer der Nee Me Poo zu Gruppen mit einem einzigen Anführer und einem Stammesrat zusammen, dessen Mitglieder aufgrund ihrer Weisheit oder besonderer Fähigkeiten Respekt genossen. Es gab jedoch keinen politischen Führer und keine Organisation, die den gesamten Stamm als eine politische Einheit vertreten hätte. Jedes Dorf beziehungsweise jeder Verband von Dörfern war unabhängig und bestimmte über sich selbst. Die Menschen ernährten sich vorwiegend von Lachs - die Dörfer lagen meist bei guten Fischgründen -, außerdem machten sie je nach Jahreszeit Jagd auf Rotwild, Wapitis, Bären und Bergschafe und sammelten Wurzeln und wilde Früchte. Die Nez Percé zogen im Frühjahr nach Osten in die Prärie, wo sie Antilopen und Büffel jagten. Dabei kam es immer wieder zu Zusammenstößen zwischen den Nez Percé und den Blackfoot, die die Nez Percé nach Westen aus ihrem Stammesgebiet zurückdrängen versuchten. Jedoch wurden die Blackfoot stets geschlagen.

Zu Beginn des 18. Jahrhunderts erhielten die Nez Percé die ersten Pferde und übernahmen daraufhin viele Gewohnheiten der Prärie-Indianer. Sie hatten sich zu ausgezeichneten Reitern entwickelt und einige Gruppen ritten regelmäßig über die Berge nach Osten, wo sie sich mit den Flathead, Crow und anderen Bison jagenden Stämmen zusammentaten. Durch diese Kontakte eigneten sie sich viele Aspekte der Kultur der Prärieindianer an, so dass es in ihrer ursprünglich auf dem Fischfang beruhenden Kultur dann auch das Tipi aus Tierhäuten und das Travois gab. Jedoch als Dauerwohnung diente weiterhin das Langhaus, welches von vielen Familien bewohnt wurde. Es war mit Matten bedeckt und in der Mitte befand sich ein Gang mit den Feuerstellen der Bewohner. Die Nez Percé waren wie ihre nördlichen Nachbarn Steinkocher. Die Töpferei war ihnen nicht bekannt. Jedoch flochten sie kunstvolle Körbe und Säcke in der Korbflechtertechnik. Die Webkunst kannten sie auch nicht. Sie flochten jedoch aus in Streifen geschnittenen Kaninchenfellen leichte, warme Umhänge oder Felldecken. Ihre Kleidung fertigten sie aus Elch-, Hirsch- oder Antilopenhäuten. Die Nez Percé besaßen ein Land, was reich war an essbaren Wurzeln und anderer pflanzlicher Nahrung. Hauptnahrungsmittel war die zwiebelartige Camaswurzel. Die Wurzel wurde gesammelt und in Gruben geröstet. Als Nahrungsreserve dienten getrocknete Wildbeeren. Die Nez Percé kannten nur die Kerne der Sonnenblumen als Körnerfrucht. In den Flüssen ihres Stammesgebietes gab es drei verschiedene Lachsarten, die zu unterschiedlichen Zeiten laichen und den Nez Percé mehrmals im Jahr eine Unmenge an Fischen boten. Die Fische, die nicht verzerrt werden konnten, wurden getrocknet, geräuchert und eingelagert.

Tuekakas und mehrere andere Häuptlinge, die ihr Land aufgeben sollten, weigerten sich, den Vertrag zu unterzeichnen, und führten ihre Gruppen unverrichteter Dinge nach Hause. sobald sie abgezogen waren, bedrängte und bestachen die Regierungsbeauftragten Lawyer und die anderen verbliebenen Häuptlinge und brachten sie dazu, den Vertrag im Namen der ganzen Nation zu unterschreiben - obwohl sie den Stammessitten zufolge gar nicht das Recht dazu besaßen. Die Unterhändler berichteten dem Bundesbeauftragten für Indianerangelegenheiten in Washington stolz, sie hätten das gesamte von ihnen eingeforderte Land von den Nez Percé bekommen, und zwar „zu einem Preis von nicht mehr als acht Cent pro Morgen".

Als Tuekakas von dem Betrug erfuhr, erklärte er wütend, Lawyer habe kein Recht, im Namen der Wallowa-Gruppe etwas zu unternehmen; er würde sein Land nie hergeben. Dann warf er seine Bibel fort und kehrte zur Religion seines Volkes zurück. Dennoch ging die Regierung davon aus, dass das Wallowa-Land von Oregon nun von Weißen besiedelt werden durfte; aber da kein Gold dort gefunden wurde und weil das Gebiet von Canyons umschlossen war und Familien mit Planwagen und Vieh es nur schlecht erreichen konnten, wurden mehrere Jahre lang keine Besiedlungsversuche unternommen - bis 1871.

In diesem Jahr rief Tuekakas, der mittlerweile erblindet war und fühlte, dass sein Tod nahte, seinen einunddreißigjährigen Sohn, der bei den Weißen als Young Joseph bekannt war, zu sich und erzählte ihm von seiner Heimat Wallowa; seine Worte wurden später von Young Joseph wiedergegeben:

Mein Sohn, mein Körper kehrt bald zu meiner Mutter Erde zurück und mein Geist wird sehr bald den Großen Häuptling der Geister sehen. Wenn ich gegangen bin, dann denke an dein Land. Du bist der Häuptling dieser Menschen. Sie schauen auf dich, damit du ihnen den Weg weist. Vergiss nie, dass dein Vater sein Land nie verkauft hat. Wann immer du aufgefordert wirst, einen Vertrag zu unterschreiben, mit dem du deine Heimat verkaufst, musst du dir die Ohren zuhalten. In einigen Jahren werdet ihr von Weißen umgeben sein. Sie haben ihre Augen auf dieses Land geworfen. Mein Sohn, vergiss nie meine letzten Worte. Dieses Land birgt die Leiche deines Vaters. Verkaufe nie die Knochen deines Vaters und deiner Mutter.

Dann fügte Young Joseph - der den Weißen bald als Chief Joseph bekannt werden sollte - hinzu:

Ich begrub ihn in dem schönen Tal, wo das Wasser in Windungen fließt. Ich liebe dieses Stück Land mehr als die ganze restliche Welt. Ein Mensch, der das Grab seines Vaters nicht liebt, ist schlimmer als ein wildes Tier.

Als immer mehr weiße Siedler Häuser, Ranches und Siedlungen im Tal errichteten, übernahm Young Joseph die Führung der Wellamotkin-Gruppe und widersetzte sich sechs Jahre lang erfolgreich den Versuchen, die Nez Percé auf ihrer Heimat zu vertreiben und in kleine neue Reservationen in Idaho zu zwingen.

Verärgert ließ Howard Toohoolhoolzote ins Wachhaus bringen. Joseph wollte einen Krieg, den die Indianer seiner Ansicht nach nicht gewinnen konnten, unbedingt verhindern und erklärte sich widerwillig bereit, seine Heimat aufzugeben und sein Volk in die Reservation zu bringen. Zunächst kehrte er jedoch ins Wallowa Valley zurück, und von dort führte er seine Gruppe von rund 250 Nez Percé mit ihrem Vieh und all ihrem Hab und Gut, das sie mitnehmen konnten, über den Snake River und den Salmon River zu einer Stelle in Idaho, wo sie sich ein letztes Mal mit anderen Nichtvertrags-Gruppen in Freiheit versammeln wollten. Widerwillig übernahm Joseph das Kommando und zog mit seinen Kriegern in die White Bird Canyon, wo er am 17. Juni 1877 der Army in der ersten Schlacht dieses Nez Percé Krieges schwere Niederlagen zufügte. Als Howard mit neuen Einheiten und schwerer Artillerie anrückte, hatte sich Joseph bereits hinter den Clearwater Fluss zurückgezogen. Er wollte mit seinem Stamm über die Grenze nach Kanada in die Freiheit fliehen. Aber um in den Norden zu kommen, mussten die Nez Percé zunächst nach Montana gelangen, die Rocky Mountains überqueren und hunderte Kilometer Steppe. Den Montana Fluss passierten sie in der Nähe von Fort Missoula und schafften es immer wieder, die Armee zu täuschen oder zu besiegen. Doch als der Stamm endlich die Plains erreicht hatte, wurde er nicht nur von Howard, sondern auch von einer Kavallerieeinheit unter Oberst Nelson Miles aus Fort Keogh verfolgt. In einem Scharmützel am Canyon Creek vernichteten sie diese Truppen und überquerten den Missouri bei Crow Island am 23. September. Eine Woche später lagerten die völlig erschöpften Indianer, die mit ihren Familien, alten Männern, Frauen, Kindern und ihren Viehherden losgezogen waren, bei den Bear Paws Bergen. Von dort war es nur noch ein Tagesritt nach Kanada. Da Howard noch zwei Tage benötigen würde, um sie zu erreichen, ließ Joseph den Stamm weiter ausruhen.

Während die Indianer sich unterhielten und ausruhten, bevor sie in die Reservation weiter zogen, beschloss ein junger Mann von Chief White Birds Salmon River-Gruppe, dessen Vater von einem Weißen getötet worden war, Rache zu üben. Zusammen mit einigen Freunden, die ebenfalls den Weißen unversöhnlich gegenüberstanden, ritten sie vom Lager fort und töteten vier Siedler. Obwohl diese Indianer nicht zu Josephs Gruppe gehörten, entschuldigte er sich später für ihren Überfall. Da die Gruppen wussten, dass General Howard sie nun mit Soldaten verfolgen würde, zogen sie sich in den Whitebird Canyon zurück. Und obwohl Joseph sich gegen Krieg ausgesprochen und alles getan hatte, um ihn zu verhindern, schloss er sich den anderen Nichtvertrags-Gruppen im Canyon an und übergab seine jungen Männer der Führung seines Bruders Ollokot, dem Kriegshäuptling der Gruppe. Schon bald erschienen Howards Truppen, angeführt von zivilen Kundschaftern, am Eingang der Schlucht. Die Nez Percé schickten Reiter mit einer weißen Flagge vor, doch die Soldaten eröffneten sofort das Feuer. Die Indianer töteten unter geringen Eigenverlusten ein Drittel der Truppen und jagten den Rest in die Flucht.

Als die im Yellowstone-Gebiet ankamen, mussten sie feststellen, dass die Crow nicht mehr ihre Freunde waren. Der Stamm hatte sich von den Amerikanern anwerben lassen, und Späher und Pferdediebe der Crow griffen die Nez Percé tagtäglich an, bis diese das Crow-Gebiet hinter sich gelassen hatten. dann beschlossen die verzweifelten, abgekämpften Indianer, nach Kanada zu gehen und bei Sitting Bull im Exil Sicherheit zu suchen. Währenddessen war es Miles allerdings gelungen, aus den Resten seiner geschlagenen Einheit eine neue Kavallerietruppe zusammenzustellen, so dass er Josephs Lager umschließen konnte.

Keine sechzig Kilometer von der Grenze entfernt, in der Nähe der Bear´s Paw Mountains in Montana, überraschte ein weiteres Heer unter Colonel Nelson A. Miles, der telegrafisch herbeigerufen worden war, die Nez Percé auf der offenen Prärie, verjagte ihre Pferde und umzingelte die Indianer in Gruben, die sie in die Uferböschungen ausgetrockneter Bäche gegraben hatten. In einer fünf Tage währenden Schlacht wehrten sich die Krieger, krank und erschöpft, gegen die mit modernen Gewehren ausgerüsteten Soldaten. Im verlauf der fünf Tage währenden Belagerung wurden Ollokot, Looking Glass, Lean Elk, Toohoolhoolzote und viele andere getötet. Da die Frauen und Kinder entsetzlich unter Hunger und Kälte litten und es keine Hoffnung mehr gab, kapitulierte Joseph am 5. Oktober 1877. Seine eloquente Kapitulationsrede, die er vor General Howard und Colonel Miles hielt, gehört zu den am häufigsten zitierten Reden eines Indianers:

„Sagt General Howard, ich kenne sein Herz. Was er mir gesagt hat, habe ich in meinem Herzen bewahrt. Ich bin müde vom Kämpfen. Unsere Häuptlinge sind tot. Looking Glass ist tot. Toohoolhoolzote ist tot. Die alten Männer sind alle tot. Jetzt sagen die jungen Männer "ja" oder "nein". Der Anführer der jungen Männer (Ollokot) ist tot. Es ist kalt, und wir haben keine Decken. Die kleinen Kinder erfrieren. Einige meiner Leute sind in die Berge geflohen; sie haben keine Decken und nichts zu essen. Niemand weiß wo sie sind - vielleicht erfrieren sie. Ich möchte Zeit haben, nach meinen Kindern zu suchen und zu sehen, wie viele ich finden kann. Vielleicht finde ich sie unter den Toten. Hört mich an, meine Häuptlinge! Ich bin müde. Mein Herz ist krank und traurig. Von dort, wo die Sonne jetzt steht, werde ich nie mehr kämpfen.“

In der folgenden Nacht entkamen White Bird und einige andere im Schutz der Dunkelheit durch die Linien der Armee und flohen über die Grenze nach Kanada, wo sie sich Sitting Bull anschlossen. Sie glaubten, dass die Armee alle, die sich ergaben, hängen oder schwer bestrafen würden. Joseph hingegen behauptete, dass Colonel Miles ihm versprochen habe, die Nez Percé dürften in ihr Land im Nordwesten zurückkehren. Beide Meinungen erwiesen sich als falsch. Die meisten der Überlebenden wurden nicht, wie von Miles zugesagt, in das Lapwai Reservat gebracht, sondern in das Indianer-Territorium. Nach Josephs Kapitulation wurden die Indianer nach Süden in ein mit Malaria verseuchtes Tiefland in der Nähe von Fort Leavenworth im Osten Kansas gebracht, und von dort zu einer heißen, von Epidemien heimgesuchten Reservation im Indian Territory, Oklahoma.